W roku 1640, kiedy to wygasła linia rodu Ligenzów, klucz bobrecki stał się przedmiotem zatargów w ich dalszej rodzinie, czego efektem było zakupienie zamku wraz z jego przyległościami przez Jana Wielopolskiego. Jan Wielopolski był kasztelanem koronnym, starostą krakowskim i posłem królewskim, a właśnie za zasługi na tym ostatnim polu uzyskał w roku 1656, z rąk cesarza Ferdynanda III w Wiedniu, tytuł hrabiego na Pieskowej Skale i dziedzic klucza bobreckiego.

Podczas potopu szwedzkiego w roku 1655 zamek zajął generał szwedzki Witz i dopiero w 1656 r. po jego zdewastowaniu, opuścił go i kazał podpalić. Mocno zniszczony przez pożar zamek wymagał dużych nakładów finansowych, zabiegów i czasu na jego odbudowanie, co nie było jednak zbyt trudne dla tak majętnego człowieka, jakim był Jan Wielopolski – właściciel Pieskowej Skały, a później jeszcze Żywiecczyzny i „państwa suskiego”.

Trudne dzieje bobreckiego zamku, będącego już wówczas własnością Jana Józefa Wielopolskiego syna Jana, łączą się z ostatnią fazą walki konfederatów barskich, którzy od schyłku 1770 roku usiłowali stworzyć stałą linię obrony nad górną Wisłą. Głównym miejscem oporu miały być istniejące umocnienia w Bobrku, Oświęcimiu, Lanckoronie i Tyńcu. Akcją tą dowodził Kazimierz Pułaski, jeden z inicjatorów konfederacji, mianowany regimentarzem, mającym za zadanie między innymi obwarowanie wsi i zamku w Bobrku. 22 maja 1771 roku w wyniku przegranej przez konfederatów bitwy pod Lanckoroną twierdza w Bobrku musiała się poddać.

W 1774 roku umarł Jan Józef Wielopolski. Wtedy jego żona hrabina Teresa z książąt Sułkowskich osiadła na stałe w barokowym pałacu Wielopolskich w Suchej, przebudowanym na początku XVIII wieku przez Annę Konstancję Lubomirską, już po śmierci męża Jana. Do hrabiny Teresy należał także zamek bobrecki z przyległościami, dlatego zaraz po śmierci męża przeprowadziła szczegółową dokumentację rozmiaru zniszczeń związanych z zajęciem zamku i walki konfederatów na tym terenie. Wkrótce przystąpiła do odbudowy i ponownego zagospodarowania posiadłości w nowoczesny, jak na owe czasy, sposób. Hr. Teresa Wielopolska słynęła z wielkiej urody, dobroci serca, pobożności i gospodarności, zaskarbiając sobie wdzięczność podwładnych. W pierwszym rzędzie zajęła się doprowadzeniem do kwitnącego stanu własności, a nade wszystko folwarków, budując na jednym z nich okazały spichlerz i główny budynek czworaków,w pobliżu zamku. Z jej inicjatywy powstał plan wybudowania od podstaw bobreckiego zespołu sakralnego w postaci kościoła, plebani i cmentarza. Decyzja o tej budowie powzięta została przez księcia Prymasa Poniatowskiego w roku 1788, po rozmowie z właścicielką i fundatorką ( kolatorką ) hr. Teresą Wielopolską. Współfundatorem tego dzieła był jej syn Ignacy Roch Wielopolski. Wkrótce rozpoczęto budowę kościoła, którą zakończono w 1798 roku ( na takie datowanie wskazuje fakt, że na wieży nakrytej kopułą, z umieszczonym na niej krzyżem znajduje się rok 1798). Osobiste świadectwo o budowie kościoła wraz z plebanią dała hrabina Teresa Wielopolska w następujący sposób: „jako pani dożywotnia wymurowała przystojny z wszelkimi ozdobami i apartamentami do odbywania obowiązków religijnych” jak również: „murowana, o piętrze, pod gontem, wygodna dla Parocha rezydencja”. Udział Ignacego Rocha Wielopolskiego polegał na wystawieniu w roku 1810 zespołu gospodarczego przy plebanii.

W roku 1800 właścicielem zamku stał się hr. Ignacy Roch, najstarszy syn hr. Teresy i hr. Jana Wielopolskiego, kontynuatora młodszej linii Wielopolskich w Suchej. Wybudował on, prawdopodobnie z pomocą matki, klasycystyczny pałac z wykorzystaniem części fundamentów i ścian z przyporami od strony zachodniej zamku, który na początku XVIII wieku podupadł i wkrótce został rozebrany. W 1794 roku hr. Teresa Wielopolska zniosła w swych dobrach pańszczyznę a dziesięcinę nałożoną na chłopów opłacała wspólnie z kościołem.